Pour cet album le groupe change de nom et devient MARILYN MANSON AND THE MECHANICAL ANIMALS. Ce nom est constitué de manière analogue à celui de l'album de DAVID BOWIE Ziggy Stardust and the Spiders from Mars qui a très fortement inspiré Manson dans l'écriture de ce nouvel album.
Le nom Mechanical Animals rappelle la chanson Mechanical Man de CHARLES MANSON tirée de l'album Lie. Le même album dont Manson a repris le morceau Sick City pour l'offrir à ces fans le jour de Saint Valentin. Dans cet album Zim Zum (guitare) a été contraint de quitter le groupe. Par conséquent, les guitares présentes sur l'album sont jouées par Twiggy en majeur partie. Les riffs de I Don't Like The Drugs sont de Dave Navarro, ancien membre des RED HOT CHILI PEPPERS. L'album a été réalisé et produit pour la première fois sans l'aide de Trent Reznor (NINE INCH NAILS) avec lequel il se fait orage depuis les déclarations que Manson a faites dans son autobiographie à son sujet. Manson déclare qu'avec Mechanical Animals, il livre le même message que dans Antichrist Superstar mais modelé de manière moins effrayante, très séduisante, décoré de strass et de paillettes, il attire ainsi des milliers de nouveaux adhérents disposés à écouter son message. Manson a beau incarner un nouveau personnage, le message n'est pas moins violent, n'est pas différent et il gagne en profondeur.
Sur l'une des pages du livret, un schéma précède l'indication, "yellow + blue = green". En fait beaucoup de messages sont écrits en jaune dans le livret et l'unique moyen de les lire est d'utiliser le boitier bleu ou le vinyle bleu transparents en plaçant la pochette derrière. on peut ainsi y découvrir en vert les messages suivants : "www.comawhite.com - I NO LONGER KNEW IF COMA WHITE WAS REAL OR JUST A SIDE EFFECT - A SUN WITH NO PLANETS BARRING IN CIRCLES - EVEN MACHINE CAN SEE THAT WE ARE DEAD". On peut lire aussi les paroles de la piste cachée, In the end I became them and I lead them. After all none of us really qualified as human . We were hardworn automatic and as hollow as the "o" in god. I reattached my emotions, cellular and narcotic. From the top of hollywood it looked like space. Millions of capsules and mechanical animals. A city full of dead stars and a girl I called coma white. This is my Omega.
Il peut-être utile de préciser que dans ses paroles, Manson décrit sa propre vision de la fin du monde désigné par l'Omega, où tous les hommes sont de simples automates, sans sentiment, ni but. La bible dit que Dieu est l'Alpha et l'Omega, c'est à dire à la fois le début, et la fin de tout. Le coma blanc (Coma White) est quant-à lui un terme scientifique décrit comme étant la dernière pensée avant la mort. Dans ses textes, Manson désigne son ex-fiancée Rose Mc Gowan (Charmed, Jawbreaker) comme étant son coma blanc. Il lui dédie aussi la chanson The Last Day On Earth. La chanson bonus du live Last Tour On Earth, A Rose And A Baby Ruth lui est aussi dédiée (cette chanson parle d'un cadeau qui grandit dans son ventre).
L'apparence androgyne que Manson donne au personnage Omega vient de la mythologie. le Diable est un être Hermaphrodite, à l'apparence androgyne, il a une poitrine de femme sur un corps d'homme, c'est un être asexué. Chez les grecs les hermaphrodites passaient perpétuellement du stade de la mort à celui de la vie par la naissance et symbolisent la polarisation entre l'homme et la femme, la vie et la mort, le bien et le mal. Ma main gauche de Manson sur la couverture de l'album contient 6 doigts, comme sur son tableau nommé Easter Sunday (dimanche de Pâques) réalisé quelques années plus tard. C'est une référence au Seraphim (une catégorie d'ange, les plus proches de dieu). Ces anges auraient six doigts et sur une main seulement. Il semble que même la position de sa main ne soit pas anodine et réalise la position de main d'Adam dans La Création d'Adam de Michel-Ange. Cette position de main n'est pas naturelle et le détail dont elle fait l'objet pourrait ne pas être un hasard. Manson aime faire coïncider les idées, il en joue sans cesse dans ses visuels. Par exemple l'utilisation de la numérologie qui parsème l'album est expliquée par Manson comme étant une sorte de démonstration des coïncidences. Il n'en décrit jamais le sens, ni la finalité mais l'intention de cette réflexion est de générer des associations d'idées et interprétations propres à chacun. Voici quelques démonstrations trouvées sur le web : on peut voir dispersé des 1 et des 5 dans beaucoup d'éléments de l'album : l'écriture Mar1lyn Man5on. Ce 1 et ce 5 peuvent représenter aussi bien la date de naissance de Manson, le 05/01 que la répartition du groupe. On remarquera aussi 15 tirets sur le logo omega, les "15 minutes of shame" du morceau I Don't Like The Drugs, et la piste New Model N°15. De plus, si on compte la piste cachée, l'album dénombre aussi 15 pistes. Notons également que la lettre "O" dans gOd, que souligne Manson dans cette piste cachée, est la 15ème lettre de l'alphabet. On peut aussi avec l'inscription "ma3x5" dans le livret et réaliser le calcul 3*5 = 15 (avec ma = Mechanical Animals). Sans oublier le choix des singles de l'album, The Dope Show, I Don't Like The Drugs et Rock Is Dead, qui correspondent respectivement aux pistes 2, 9 et 4 et dont la somme fait 15. On pourrait aussi rapprocher le 5 et le 1 du nombre 51 comme la zone 51 que le clip de The Dope Show évoque très fortement. La somme de 1 et 5 donne 6 associé dans l'alphabet grec à la lettre W (Omega).
En mai 2000 la paix Reznor/ Manson est proclamée, le leader des NINE INCH NAILS, à l'occasion d'un concert au Madison Square Garden,a invité Marilyn Manson sur scène pour jouer The Beautiful People et The Perfect Drug ensemble. De plus, Manson a co-réalisé le clip de Starfuckers Inc. où il apparaît déguisé en call-girl, pour s'amuser de leur relation tumultueuse.
